Urodził się 22 stycznia 1913 r w Chełmży. Rodzice Ludwik (1883–1957) i Marta (1886–1965), z domu Olszewska, ślub zawarli w 1908 r. Ludwik był piekarzem, prowadził piekarnię i cukiernię – zaraz po ślubie w Bydgoszczy, a od 1911 r. w Chełmży, skąd pochodziła żona. Marta zajmowała się domem, wychowując sześcioro dzieci, i prowadziła rodzinny sklep piekarniczy. 

Rodzeństwo: brat Czesław (1909–1930) student prawa, brat Leonard (1911–1940) aresztowany przez gestapo, zmarł po uwolnieniu na zapalenie płuc, siostra Eleonora (1916–1986), siostra Stefania (1919–1948) absolwentka liceum, oraz siostra Marcyjanna Marta (1926–2003) po kursach pedagogiki specjalnej i opieki lekarskiej. 

W domu Frelichowskich panowała atmosfera nauki i społecznego działania. Dziadek należał do Bractwa Kurkowego i do Stowarzyszenia Kupców Katolickich, ojciec był skarbnikiem tego stowarzyszenia, a także członkiem Komisji Kwalifikacyjnej Cechu Piekarniczo-Cukierniczego. Starsi bracia działali w Chełmżyńskim Towarzystwie Wioślarskim. Stefan interesował się harcerstwem. Czesław rozpoczął studia prawnicze w Poznaniu, Leonard po małej maturze doskonalił się w zawodzie piekarniczym, aby w przyszłości przejąć zakład ojca. Eleonora po szkole wydziałowej uczyła się szycia i robót ręcznych u Sióstr Elżbietanek, śpiewała w chórze kościelnym. Stefania ukończyła gimnazjum w Chełmży i liceum w Toruniu, Marcjanna chodziła do szkoły podstawowej. W domu dużo śpiewano pieśni patriotycznych i harcerskich, Stefan grał na skrzypcach, a Czesław na pianinie. 

Stefan jako uczeń gimnazjum w Chełmży wstąpił w marcu 1927 r. do 2 Pomorskiej Drużyny Harcerzy im. Zawiszy Czarnego. W czerwcu tegoż roku zdobył stopień młodzika i złożył przyrzeczenie harcerskie. Szybko, bo już po roku, zdobył stopień wywiadowcy i został zastępowym, a następnie przybocznym w swojej drużynie. Ukończył również pomyślnie kurs drużynowych. W gimnazjum Stefan należał także do organizacji katolickiej Sodalicja Mariańska. 

W 1929 r. uczestniczył ze swoją drużyną w II Narodowym Zlocie Harcerskim w Poznaniu. W następnym roku został drużynowym i otrzymał stopień przewodnika. Przygotował wówczas ambitny 3-letni program rozwoju drużyny, który konsekwentnie realizował. W czerwcu 1930 r. przeżył bardzo śmierć starszego brata Czesława. Ta rodzinna tragedia skłoniła go do wyboru drogi kapłańskiej w swoim życiu. Bardzo poważnie traktował obowiązki drużynowego, rozumiejąc wychowawczą rolę harcerstwa. Zdawał sobie sprawę, że musi we wszystkim świecić przykładem swoim druhom. Jako 17-latek zapisał w swoim pamiętniku znamienne słowa o znaczeniu harcerstwa w jego życiu: „Wierzę mocno, że państwo, którego wszyscy obywatele byliby harcerzami, byłoby najpotężniejsze ze wszystkich. Harcerstwo bowiem, a polskie szczególnie, ma takie środki, pomoc, że kto przejdzie przez jego szkołę, to jest typem człowieka, jakiego nam teraz potrzeba.”  

 

Po maturze w 1931 r. wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Pelplinie. Tam kontynuował swoją służbę harcerską w starszoharcerskim kręgu seminarzystów. Członkowie tego kręgu szkolili funkcyjnych i pomagali prowadzić drużyny harcerskie w Pelplinie. Stefan zdobył kolejne stopnie harcerskie ćwika i Harcerza Orlego. Został przewodniczącym kręgu. Za zgodą rektora seminarium był nieformalnym komendantem drużyn miejskich w Pelplinie. Utrzymywał kontakty z dyrekcjami szkół, chodził na zbiórki drużyn, wygłaszał gawędy i uczył pieśni harcerskich. W roku 1934 wziął udział w obozie szkoleniowym starszoharcerskich kręgów kleryków pod wodzą wybitnego instruktora i naczelnego kapelana ZHP ks. Mariana Luzara. Ukończył również kurs instruktorski i oraz otrzymał stopień podharcmistrza. Rok później wybrał się z grupą dwudziestu kleryków na Jubileuszowy Zlot do Spały. Tam otrzymał stopień Harcerza Rzeczypospolitej, a w jego książeczce harcerskiej potwierdził ten fakt swoim podpisem hm. Aleksander Kamiński. 

Frelichowski bardzo ukochał harcerstwo i przeszedł w nim wszystkie szczeble wtajemniczenia w zastępie, drużynie, na obozach i zlotach oraz w Kręgu Starszoharcerskim Kleryków. Poznał dokładnie system wychowania w harcerstwie i bardzo go sobie cenił. Jako drużynowy zapisał w swoim pamiętniku, że póki będzie żył, będzie harcerzem i zawsze będzie wspierał harcerstwo. W jego notatkach i programach harcerskich można odczytać myśli samego gen. Roberta Baden-Powella, a także naszych najwybitniejszych instruktorów jak Andrzeja Małkowskiego, Tadeusza Strumiłły czy Stanisława Sedlaczka. 

14 marca 1937 r. Stefan Wincenty Frelichowski otrzymał święcenia kapłańskie w pelplińskiej katedrze. Nie skierowano go zaraz do pracy duszpasterskiej w parafii. Doceniając jego walory intelektualne, duchowe i organizacyjne, ks. biskup Stanisław Okoniewski mianował go swoim kapelanem i osobistym sekretarzem, jeszcze wtedy kiedy był diakonem. W tej funkcji towarzyszył biskupowi w zagranicznej podróży do Budapesztu na Międzynarodowy Kongres Eucharystyczny. 

 

Dopiero w lipcu 1938 r. otrzymał skierowanie jako wikariusz do parafii Wniebowzięcia NMP w Toruniu. Tym mianowaniem powrócił do ulubionej bezpośredniej pracy z dziećmi i młodzieżą, a także do harcerstwa. Miał doskonały kontakt z dziećmi, organizował im biwaki i wycieczki, gry i zabawy. Za zgodą biskupa ordynariusza przyjął obowiązki kapelana harcerskiego Pomorskiej Chorągwi. Jako kapelan publikował artykuły o wychowaniu religijnym i harcerskim. Zgodnie z duchem harcerskim chciał doskonalić swoją wiedzę i wiosną 1939 r. zapisał się na Wydział Teologiczny Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie. Jesienią miał kontynuować dalsze studia.

 

Przed wybuchem wojny pracował w Pogotowiu Harcerek i Harcerzy. Parafianie bardzo ciepło wspominali posługę duszpasterską ks. Stefana. Podkreślali jego oddanie Bogu i ludziom, jego otwartość na wszystkie potrzeby i problemy ludzkie, a przy tym wesołego i pogodnego, niosącego wszystkim radość i życzliwość. 11 września 1939 r. wszyscy księża z parafii Wniebowzięcia NMP zostali aresztowani. Ks. Stefana zwolniono po dwóch dniach, ale 18 października zaaresztowano już bezpowrotnie. Więziony był w Fortach Torunia, a później w Nowym Porcie i Stutthofie. W Stutthofie, dzięki staraniom ks. Frelichowskiego, w wielki czwartek 21 marca 1940 r. odprawiono potajemnie pierwszą obozową mszę św. Udzielono także potajemnie sakramentów spowiedzi i komunii św. Były to ostatnie sakramenty św. udzielone gdańskim kapelanom harcerskim ks. Marianowi Góreckiemu i ks. Bronisławowi Komorowskiemu, którzy następnego dnia, w Wielki Piątek, zostali rozstrzelani w grupie 66 pomorskich patriotów.

 

W kwietniu przewieziono ks. Stefana do obozu w  Sachsenhausen, a w grudniu do obozu Dachau. W obozach opiekował się chorymi, wspierał duchowo więźniów, pocieszał w niedoli i udzielał spowiedzi. Znał języki obce i otaczał opieką także więźniów innych narodowości. Osobistym przykładem zmobilizował do opieki nad zakażonymi tyfusem więźniami 32 innych polskich księży, nie zważając na zagrożenia i represje. Bezgranicznie oddany bliźnim współwięźniom, sam zaraził się tyfusem. Nie doczekał wyzwolenia obozu. Zmarł w Dachau 23 lutego 1945 r. 

W warunkach obozowych niebywale oddano hołd zmarłemu księdzu, pozwalając na  wystawienie zwłok na widok publiczny w obozowym prosektorium. Niepowtarzalna uroczystość żałobna zgromadziła wielu współwięźniów, którzy przyszli oddać mu cześć, podziękować za jego dobroć i troskliwą opiekę, odmówić modlitwę i szczerze zapłakać. Na prośbę współwięźnia ks. B. Czaplińskiego (biskupa chełmińskiego w latach 1972–1982) student medycyny i przyjaciel zmarłego księdza wyjął dwie kostki z serdecznego palca prawej dłoni oraz wykonał maskę pośmiertną z gipsu. Jedną kostkę i maskę po wojnie otrzymała mama księdza. Druga kostka, którą nosił ks. Czapliński, została wmurowana w kościele Wniebowzięcia NMP w Toruniu. 

W roku 1948 pośmiertnie odznaczono ks. Stefana  Frelichowskiego Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, a w roku 1995 Srebrnym Krzyżem Zasługi dla ZHP.

 

Ojciec św. Jan Paweł II podczas pielgrzymki w Toruniu 7 czerwca 1999 r. wyniósł na ołtarze księdza phm. Stefana Wincentego Frelichowskiego. Znając dobrze służbę harcerską ks. Stefana i jego miłość do naszej organizacji skierował do harcerzy następujące słowa:

 

 

W przeddzień 58. rocznicy śmierci księdza, 22 lutego 2003 r., w Dniu Myśli Braterskiej w katedrze polowej WP w Warszawie przedstawiciele harcerstwa z kraju i zza granicy odebrali dokumenty Kongregacji ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów z dnia 20 września 2002, na których mocy błogosławiony ks. Stefan Wincenty Frelichowski został uznany patronem polskich harcerzy.