Bernard Filarski urodził się 9 października 1880 r. w Lubawie. Będąc uczniem gimnazjum w Chełmnie, należał do Towarzystwa Filomatów, które zajmowało się tworzeniem tajnych kółek samokształceniowych na terenie zaboru pruskiego. Zadaniem tych kółek było pogłębianie znajomości języka polskiego i historii Polski, aby uchronić Polaków przed germanizacją. Za tę działalność Bernard Filarski wraz z innymi uczniami stanął przed sądem i w tzw. procesie toruńskim filomatów został skazany na karę dwóch tygodni więzienia i wydalenie ze szkoły. 

Ukończył gimnazjum w Tucholi, następnie wyjechał na studia medyczne do Monachium. Po ukończeniu studiów w 1908 r. osiedlił się w Gdańsku. Od roku 1908 zaangażował się w Gdańsku w tajne nauczanie polskiej młodzieży na poziomie szkół średnich. W latach 1918–1919 brał udział w polskim ruchu niepodległościowym, w Radzie Żołnierskiej i w Gdańskiej Radzie Ludowej. 

Po powstaniu Wolnego Miasta Gdańska był jednym z pierwszych członków Towarzystwa Przyjaciół Nauki i Sztuki, Zarządu Okręgu Gdańskiego Towarzystwa Gimnastycznego „Sokół” i Komitetu Budowy Domu Polskiego w Gdańsku. Należał do Macierzy Szkolnej i współorganizował polskie szkolnictwo podstawowe i średnie. W 1921 r. w Królewcu otrzymał tytuł doktora nauk medycznych i rozpoczął pracę jako lekarz w Dyrekcji Okręgowej Kolei Państwowych w Gdańsku. 

Wraz z doktorem Franciszkiem Kręckim założył na ziemiach Wolnego Miasta Gdańska Związek Harcerstwa Polskiego. 

W 1927 r. został przewodniczącym powołanego na terenie Gdańska Koła Przyjaciół Harcerstwa przy Gimnazjum Polskim (liczyło ono 400 członków). Od 1929 r. pracował jako lekarz w Gimnazjum Polskim Macierzy Szkolnej w Gdańsku. Prowadził też prywatny gabinet stomatologiczny przy ul. Długiej 53. W tym miejscu obecnie umieszczona jest tablica pamiątkowa poświęcona jego pamięci. Od roku 1937 po zjednoczeniu Gminy Polskiej i Związku Polaków udzielał się w gdańskiej Polskiej Radzie Kultury zajmującej się współpracą z organizacjami polskimi oraz gromadzeniem środków finansowych na rozwój polskiej kultury i oświaty. Przez kilkanaście lat pełnił funkcję jednego z prezesów Towarzystwa Czytelni Ludowych, należał do klubu Gedania i Polskiego Klubu Morskiego. Mieszkał przy Rickertweg (ul. Bohaterów Getta Warszawskiego) i przy Schwarzer Weg (ul. Mireckiego).

Wspierał finansowo działalność harcerską polskiej młodzieży. Niejednokrotnie wysyłał własne dzieci z paczkami żywnościowymi lub z pieniędzmi dla uczniów i studentów polskich. Dał się poznać jako wielki Polak i patriota. Wraz z żoną Wiktorią z domu Daszyńską miał siedmioro dzieci. Wszystkie uczęszczały do Gimnazjum Polskiego (co nie było w tych czasach sprawą oczywistą). Do swojej działalności włączył córkę Marię i syna Zbigniewa.

1 września 1939 r. został aresztowany w swoim gabinecie i osadzony w Victoria Schule. Nazajutrz pierwszym transportem więźniów trafił do obozu Stutthof.

22 marca 1940 r. w Wielki Piątek został rozstrzelany w stegieńskim lesie wśród 67 wybitnych przedstawicieli Polonii Gdańskiej. W 1946 r. dokonano ekshumacji ofiar egzekucji marcowej, a ich ciała zostały przeniesione na cmentarz w Gdańsku Zaspie. Nazwiska poległych zostały upamiętnione w Alei Zasłużonych.

Po aresztowaniu Bernarda Filarskiego gestapo wysiedliło jego rodzinę do Generalnej Guberni. Syn Zbigniew spędził pięć lat w obozach koncentracyjnych Stutthof i Mauthausen, a po zakończeniu działań wojennych uczestniczył w ratowaniu dzieł sztuki i przywracaniu ich polskiemu dziedzictwu narodowemu. Córki Maria i Wanda zaangażowały się w działalność podziemną Armii Krajowej. Maria zasłynęła z przerzutu do Szwecji kuriera rządu polskiego Jana Nowaka-Jeziorańskiego, za co została osadzona w KL Stutthof. Wzięła udział w marszu śmierci. Za swój bohaterski czyn po wojnie została odznaczona Krzyżem Armii Krajowej. Córka Krystyna została wysłana do przymusowej pracy na terenie Niemiec.

Po wojnie rodzina Filarskich powróciła do Gdańska, do dziś wpisując się w dzieje tego miasta.

Bernard Filarski jest bohaterem 1 Stegieńskiej Drużyny Harcerskiej „Sztorm” działającej od września 2004 r. przy Zespole Szkół w Stegnie. 29 listopada 2017 r. Rada Gminy Stegny nadała imię Bernarda Filarskiego skwerowi w Stegnie przy ulicy Powstańców Warszawy zlokalizowanemu naprzeciwko Zespołu Szkół w Stegnie.